1890年的地图
因斯布鲁克市区内发现的最早的考古遗迹是新石器时代留下的。市内有些地方的地名显然是从罗马时期以前留下来的，此外一些那时留下来的墓地也证明从三千年前开始因斯布鲁克就不断有人居住。
4世纪罗马帝国在这里设立了一个兵营来保护从维罗纳跨越阿尔卑斯山脉去奥古斯堡的道路。这个兵营在600年左右在民族大迁徙的时候被毁。
1138年在这里建立了一个修道院，这个修道院不但拥有因河周围的所有土地，而且还拥有在因河上摆渡的唯一权利。因此整个从这里跨越阿尔卑斯山脉的权利全部掌握在这个修道院手中。
1165年当地的伯爵建造了一座跨越因河的桥。1180年他又通过土地交换从修道院手中换取了因河两岸的土地。1187年这个居民点获得设立市场的权利，在颁发这个权利的证书上首次出现了因斯布鲁克的拉丁语名字：Oeni Pons（oenus是因河的拉丁语名字，pons是桥的意思）。
1187年和1205年之间因斯布鲁克获得城市权利。由于它控制着南北跨越阿尔卑斯山脉的交通要道，它很快就成为一个非常有影响、非常富有的城市。
因斯布鲁克的印章和市徽是从1267年留下来的。
1281年通过又一次土地交换因斯布鲁克得以扩展。
1300年左右通过布伦纳山口的道路被加强，马车可以在上面行走，当时其它跨越阿尔卑斯山脉的道路还只能使用驮马运输。
金屋顶
1420年奥地利公爵腓特烈四世将因斯布鲁克设为他的首都并建造宫殿、市政府、庭院、金屋顶和城堡。
1485年后来写《巫术之秘》的海因里希·克雷默在因斯布鲁克发动迫害巫师的审判，但由于他的证据不足审判被中断。
海尔布陵屋
1500年左右因斯布鲁克有约5000名居民。
1629年至1630年在因斯布鲁克开设了德语地区第一座剧院。今天这个位置上是因斯布鲁克的会议中心。
1665年最后一位蒂罗尔大公无子逝世，哈布斯堡王朝的蒂罗尔支灭绝，蒂罗尔归并入奥地利，因斯布鲁克因此也丧失了它首都的地位。
1669年10月15日神圣罗马帝国皇帝利奥波德一世开办因斯布鲁克大学，当时该大学共有四个系。
1858年从因斯布鲁克通往慕尼黑的铁路造好，此后继续有去往其它地方的铁路建成，旅游业也随之发展。